巨大兵器イェーガーを駆使する人類とKAIJUたちとの激闘から10年。今は亡き英雄ペントコストの息子でイェーガー・パイロットとしての活躍を期待されていたジェイクは、環太平洋防衛軍（PPDC）を去って違法なイェーガーのパーツ売買を行っていた。だが、戦地か…