近未来では、ミュータントが絶滅の危機に直面していた。治癒能力を失いつつあるローガン（ヒュー・ジャックマン）に、チャールズ・エグゼビア（パトリック・スチュワート）は最後のミッションを託す。その内容は、ミュータントが生き残るための唯一の希望と…