北海道・函館の斧江財閥に怪盗キッドからの予告状が届く。ビッグジュエルを追い求めているはずのキッドの目当ては、財閥が所蔵する新選組副長・土方歳三の日本刀だという。同じころ、名探偵コナンこと江戸川コナンは、西の名探偵の服部平次と共に函館を訪れ…